Lý Liên Kiệt hiện đang theo đuổi tư tưởng Phật giáo Tây Tạng[1] của thiền sư Lho Kunsang[2] dòng Drikung Kagyu tại tu viện thuộc Ca-nhĩ-cư phái.[3]

Năm 1987, Lý Liên Kiệt lấy Hoàng Thu Yến (Huang Qiuyan-黄秋燕)[4], đồng diễn viên phim "Thiếu Lâm Tự 2: Thiếu Lâm tiểu tử", thành viên đội tuyển Wushu Bắc Kinh và có với bà hai con gái; họ chia tay năm 1990.

Năm 1999, Lý Liên Kiệt tái hôn với Lợi Trí (利智), nữ diễn viên Hồng Kông gốc Thượng Hải. Họ có với nhau hai con gái: Jane (sinh năm 2000) và Jada (sinh năm 2002).

Năm 2004, khi cơn sóng thần Á châu nổi lên càn quét thì Lý Liên Kiệt đang ở Maldives và chỉ bị thương nhẹ bởi một mảnh gỗ thuyền trong khi đang bảo vệ con gái 4 tuổi Jane, mặc dù có những lời đồn rằng ông đã bị thiệt mạng[5]. Khi đó, hai bố con đang bơi trong một bể bơi gần bờ biển thì cơn sóng ập tới.[6]

Năm 2009, Lý Liên Kiệt - lúc đó đã chính thức nhập quốc tịch Hoa Kỳ sau một thời gian dài hoạt động trong lĩnh vực nghệ thuật thứ bảy tại đây; quyết định nhập tịch Singapore.[7][8] Ngày 28 tháng 7 năm 2009, chủ tịch Quỹ tài trợ Hiệp hội Chữ thập đỏ Trung Quốc 壹基金 (một quỹ từ thiện của Lý) tuyên bố rằng Lý chính thức là công dân Singapore;[7] mục đích của Lý vì sự nghiệp giáo dục của hai cô con gái.[7] Lý là người gia nhập quốc tịch Singapore tiếp theo tấm gương của nữ minh tinh Hoa ngữ Củng Lợi.